Lúc Kenshin bắt đầu cuộc sống mới cùng Kaoru và bạn bè thì anh nhận được yêu cầu từ chính quyền Minh Trị. Makoto Shishio là một cựu sát thủ như Kenshin, bị phản bội và bị thiêu sống, nhưng hắn đã thoát chết và hiện đang ở Kyoto, cùng đồng bọn âm mưu lật đ

Cuộc chiến của hai kiếm khách huyền thoại Rurouni Kenshin và Shishio Makoto đã đến hồi căng thẳng. Shishio đưa chiến hạm của mình về hướng Tokyo, với mục đích lật đổ chính phủ Minh Trị, đưa Nhật Bản trở về thời biến lọan. Kenshin gặp muôn vàn khó khăn và