Snake Eyes: G.I. Joe Origins theo chân Snake Eyes - một chiến binh cô độc, ngoan cường bất ngờ được kết nạp vào gia tộc Arashikage sau khi cứu mạng người thừa kế của họ. Khi đến Nhật Bản, Arashikage dạy Snake Eyes những chiêu thức cơ bản của một chiến bin

Tại Nhật Bản vào năm 1600, vào buổi bình minh của cuộc nội chiến mang tính chất thế kỷ, Lãnh chúa Yoshii Toranaga đang chiến đấu để giành lấy mạng sống khi những kẻ thù của ông trong Hội đồng Nhiếp chính đoàn kết chống lại ông thì một con tàu châu Âu bí ẩ