Ở cuối phần trước, Thiếu tá Kusanagi Motoko đã không còn làm việc cho đơn vị 501 nữa, giờ cô đã được Aramaki tuyển vào Section 9. Và trong khi còn chưa tuyển được thành viên cho đội đặc nhiệm của riêng mình, một kẻ thù tân công toàn bộ hệ thống điều khiển

Khi một loại virus lây nhiễm ma có tên là Fire-Starter bắt đầu lây lan qua hệ thống dẫn đến vụ ám sát Thủ tướng Nhật Bản, Thiếu tá Motoko Kusanagi và đội đặc nhiệm tinh nhuệ của cô được gọi đến để truy tìm nguồn gốc của nó.

Ở cuối phần trước, Thiếu tá Kusanagi Motoko đã không còn làm việc cho đơn vị 501 nữa, giờ cô đã được Aramaki tuyển vào Section 9. Và trong khi còn chưa tuyển được thành viên cho đội đặc nhiệm của riêng mình, một kẻ thù tân công toàn bộ hệ thống điều khiển